La cepa es un concepto de la biología que designa a un rango taxonómico dentro de una misma especie con características genéticas particulares. Con el mismo nombre de cepa también se conocen a los virus, las plantas y roedores que se utilizan en estudios experimentales. Pero el uso más común del término cepa es el usado dentro de la microbiología, donde hace referencia a un cultivo de células hijas de una misma célula, por lo general reproducidas de forma clónica, que son conservadas dentro de una placa de Petri para el estudio y la conservación de sus características. En este último caso, son usuales las cepas de virus, que se estudian para intentar descubrir nuevas curas y tratamientos de determinadas enfermedades causadas por estos y entender cómo se reproducen en la naturaleza y cómo actúan en el cuerpo humano.
Así, por ejemplo, una cepa de gripe es una determinada colonia de la especie del virus de la gripe, separada por sus isoformas de proteínas distintivas en la superficie. A partir de una cepa, se pueden obtener nuevas cepas como consecuencia del desplazamiento antigénico (combinación de dos cepas distintas del mismo virus) o de la deriva antigénica (cuando se mutan las proteínas de la superficie del virus, a partir de las cuales el sistema inmunológico reconoce al virus). Además de estos fenómenos, las cepas pueden diferenciarse entre sí a partir de métodos metagenómicos que maximicen la resolución al interior de las especies. El estudio de las cepas ha sido determinante para analizar y comprender la microbioma, es decir, las comunidades de microorganismos simbióticos, comensales y patógenos que conviven ecológicamente dentro del organismos multicelulares, como los animales y las plantas.
Desde hace algún tiempo, varios laboratorios científicos han venido estudiando el virus de la gripe para saber cuál es su comportamiento al interior del cuerpo humano. Dado que este virus se encuentra extendido por todo el mundo, muchas personas han mostrado su preocupación por este tipo de investigaciones. Aun así, estas siguen realizándose hasta el día de hoy. Además de este fin, también se han desarrollado cepas de E. coli y otros virus para los estudios concernientes a la producción de biocombustibles. Además de este fin, las cepas de dicho virus se utilizan también como chasis para la producir proteínas simples. Cepas como BL21 han posibilitado la producción e proteínas a nivel industrial con una gran eficiencia. Mientras que para producir proteínas complejas se recurre a cepas de mamíferos, como es el caso de la célula de ovario de hámster chino.
Uno de los primeros organismos utilizados para el estudio genético fue la mosca común de fruta (de nombre científico Drosophile melanogaster), pues posee un genoma simple que puede leerse fácilmente. Además de esto, después de sus primeros estudios, ha seguido siendo objeto de muchas otras investigaciones por otras razones, como el volumen y la velocidad de su reproducción y lo fácil que es mantenerla con vida. Así, de esta mosca se han desarrollado muchas cepas específicas, como una con alas atrofiadas que no puede volar y que se usa comúnmente para alimentar reptiles y anfibios domésticos y en cautiverio. Otro animal usado comúnmente para desarrollar cepas son los ratones de laboratorio. Así, se han generado diferentes cepas de roedores para determinar la toxicidad de ciertos medicamentos experimentales y para estudiar enfermedades.
Las cepas pueden clasificarse en las siguientes categorías:
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