El siglo IX marcó un periodo de transición en muchos campos para el imperio bizantino, que se iba recuperando poco a poco de las condiciones turbulentas que caracterizaron el fin del siglo anterior y siguieron a la caída de la dinastía Isauria. El ascenso de la posterior dinastía Amoriana dio inicio a un renacimiento cultural y político que permitió a Bizancio rivalizar nuevamente con los grandes centros de poder de aquella época en Occidente, como fueron los francos en Europa, la corte de los Abásidas en el norte de África y el medio y cercano Oriente o los Omeyas del emirato de Córdoba.

En el ámbito religioso, el fin de la iconoclastia supuso una revitalización del arte figurativo y la renovación de los afanes evangelizadores entre los pueblos paganos o partidarios de un cristianismo heterodoxo en Europa y el Asia Menor, con notables logros particularmente exitosos en la labor de conversión de los distintos pueblos eslavos del centro y este de Europa. Dichos logros pueden ser acreditados en buena medida a la obra de los santos hermanos Cirilo y Metodio, quienes codificaron la lengua eslava mediante la elaboración de un alfabeto particular que les permitió llevar el mensaje del evangelio a estos pueblos en su lengua propia.

Sin embargo, uno de los hechos más relevantes que tuvo lugar durante este periodo lo constituyó el ascenso a la dirección de la Iglesia Ortodoxa del patriarca Focio, inicialmente un erudito dentro de la corte bizantina del emperador Miguel III que fue luego elevado a la categoría episcopal en un tiempo récord (una semana, en diciembre de 858) a fin de que reemplazara al anterior patriarca Ignacio, quien había empezado a revelarse como díscolo e inmanejable para el emperador y sus consejeros, por lo que fue acusado de aliarse con los oponentes del emperador y fue consecuentemente depuesto y deportado.

En 860 el emperador Miguel invitó al papa Nicolás I a que enviara sus legados para que tomaran parte de un sínodo a celebrarse en Constantinopla para discutir algunas cuestiones acerca de la veneración de las imágenes y donde esperaba igualmente resolverse la disputa en torno a la situación del patriarca. Nicolás expresó que, en caso de que sus legados hallaran válidas las acusaciones contra el depuesto Ignacio, él estaba dispuesto a reconocer a Focio en el patriarcado. Sin embargo, los legados terminaron aceptando la legitimidad de su nombramiento sin consultar previamente con el papa (posiblemente presionados por la corte imperial) y emitieron un dictamen en el concilio de 861 que confirmó a Focio en su puesto. En represalia, Nicolás celebró entonces un sínodo en Roma en 863, durante el cual se anularon los edictos previos y se condenó la elección del nuevo patriarca, exigiendo la restitución de Ignacio, lo que dio inicio a un conato de cisma entre las dos iglesias.

La situación se complicó aún más cuando el kan Boris de Bulgaria fue bautizado en 865 según el rito bizantino y demandó un patriarcado separado para los nuevos conversos eslavos. Puesto que en principio Focio se rehusó, Boris inició entonces acercamientos con la Iglesia Latina de Occidente. La respuesta bizantina se dio en 867, tras un concilio griego que contó con la participación de delegados de las sedes orientales de Antioquía, Alejandría y Jerusalén, y donde se dictaminó la excomulgación del papa bajo la acusación de herejía, debido a la inclusión por parte de los latinos de la llamada cláusula Filioque en el Credo Niceno, el símbolo de la fe cristina. Dicha cláusula constituía un inserto nuevo que declaraba que el Espíritu Santo, en tanto tercera persona de la Trinidad, provenía del Padre y del Hijo (que es lo que traduce el nombre de la cláusula). Esta decisión tendría profundas repercusiones en el futuro de toda la iglesia cristiana y jugaría un importante papel en la separación paulatina de las iglesias occidentales y orientales, que alcanzó su punto culminante en el Gran Cisma de 1054.

En cuanto a Bulgaria, el papa se negó igualmente a nombrarles un arzobispo, por lo que Boris retornó a la sede patriarcal de Bizancio y se le concedió entonces un estatus autónomo a su reino, que fue elevado finalmente a la categoría de patriarcado en 927.

Mientras tanto, en 867 la situación cambió drásticamente debido a diversos hechos: el papa Nicolás murió, sin que hubiera lugar a una revisión del caso que pudiera apaciguar las diferencias entre las dos sedes. En Bizancio, por otra parte, el emperador Miguel fue asesinado por una conjuración que llevó al trono a Basilio de Macedonia, primer emperador de su propia dinastía, lo que dejó a Focio sin su patrocinador. El nuevo emperador Basilio, más por congraciarse con los occidentales que por las relaciones previas del patriarca, terminó por destituir a Focio y repuso nuevamente a Ignacio, con lo que se restableció la comunión de las iglesias y se dio fin al cisma, pero esto no ayudó a resolver las disputas entre las dos sedes. Un par de años después se celebró un Concilio Ecuménico que reafirmó las decisiones en torno a Focio e Ignacio, y que pasó a ser conocido como el IV Concilio de Constantinopla.

Pero en 877 murió Ignacio, luego de reconciliarse con Focio, y el emperador Basilio llamó a este una vez más para que se pusiera al frente del patriarcado, siendo confirmado en su puesto por un nuevo Concilio Ecuménico celebrado otra vez en Constantinopla, adonde acudieron legados del nuevo papa Juan VIII. Sin embargo, con la agudización de los conflictos entre las iglesias en el tiempo, este concilio terminó siendo repudiado en Occidente, y pasó a ser reconocido como ecuménico solamente por las iglesias orientales, que rechazaron a su vez el IV Concilio. Así, a partir de estas reuniones de carácter opuesto llegó a su fin la unidad de la iglesia representada por los anteriores siete Concilios Ecuménicos.

Focio mantuvo su segundo periodo de patriarcado hasta 886, cuando fue depuesto una vez más por el nuevo emperador León VI. A pesar de que por su carácter puede ser juzgado como controversial, gracias a sus obras, su papel determinante en la evangelización de los eslavos y su profunda erudición Focio fue reconocido posteriormente como santo por la Iglesia Ortodoxa Oriental, donde es conocido como San Focio el Grande.