A pesar de que la dinastía Song marcó un punto álgido de cultura y gobernabilidad, caracterizado por importantes logros políticos y sociales y el florecimiento de las actividades intelectuales y los más grandes avances tecnológicos, que contribuyeron a cimentar el esplendor del imperio, su mandato nunca fue completo ni unificado sobre toda China, pues durante su primer periodo (llamado de Song septentrional, entre los años 960 y 1127 d.C.) debió tolerar la existencia del estado kitán de Liao en su frontera norte y la creación del reino tangut de Xia occidental en el centro norte del territorio. Luego, a partir de 1115 d.C., la penetración de los nómadas yurchen de Jin en el norte de China desplazó tanto a los Liao, que fundaron en el centro del Asia el kanato independiente de Kara-kitai, como a los mismos Song, quienes debieron restablecerse al sur del río Yang Tze, dando así inicio a su periodo meridional, mientras los Jin se apoderaban de gran parte del territorio norteño de la cuenca del río Hoang Ho, la cuna de la cultura china.

Sin embargo, durante el siglo XIII, los mongoles de Genghis Kan y sus descendientes alteraron completamente este escenario, pues se revelaron imbatibles en su expansión y lograron conquistar todos estos reinos (y muchos más), anexándolos a su creciente imperio, que llegó a ser el mayor imperio continental de toda la historia.

Para el tiempo de Kublai Kan, nieto de Genghis, este enorme imperio que abarcaba desde Europa hasta China se hallaba de hecho fragmentado en cuatro grandes centros de poder. Kublai, enamorado de la cultura china, terminó por asentarse en Pekín y proclamar la dinastía Yuan en 1271 d.C., nombrándose primer emperador y completando la reunificación de China en 1279 d.C.

Kublai fue el último de los grandes kanes que gobernó sobre un imperio mongol unificado, pues sus descendientes en la dinastía circunscribieron cada vez más su gobierno al territorio de China. Mandó a construir la capital de verano de Xanadú (Shangdu), símbolo de lujo y exuberancia, y renombró a Pekín como Janbalic (la ciudad del Kan), la cual fue conocida en occidente sobre todo gracias a los relatos del viajero veneciano Marco Polo, quien supuestamente la visitó en 1275 d.C.

Kublai también intentó, varias veces y de manera infructuosa, extender sus dominios sobre otros reinos vecinos, como Vietnam y Japón, mediante campañas navales que no eran precisamente el fuerte de la táctica mongola de guerra. Durante la invasión a Vietnam sus barcos fueron destruidos por las astas de hierro que los vietnamitas sembraron en el lecho del río, tras lo cual el ejército mongol debió batirse en retirada. Las invasiones a Japón fueron desbaratadas por los tifones y el mal tiempo, lo cual originó la idea del viento de Dios (kami kaze) que protegía las islas y que quedaría hondamente grabado en el imaginario japonés hasta nuestros días.

Sin embargo, a pesar de que la dinastía Yuan logró estabilizar China y dar pie a una época de tolerancia y crecimiento general, siempre fue vista con recelo y antipatía por el grueso de la población, debido a que Kublai había dejado establecidas diversas medidas discriminatorias contra la etnia han (la etnia mayoritaria de China) que se había mostrado rebelde durante la pacificación del país. Finalmente, los altos impuestos y el desastroso manejo de la economía, aunados al descuido de importantes proyectos hidráulicos que trajeron como consecuencia graves inundaciones y hambrunas, desembocaron en el levantamiento de grandes rebeliones campesinas que terminaron por hacer tambalear el gobierno a partir de 1351, cuando estalló la llamada Revuelta de los Turbantes Rojos.

Esta revuelta, permeada en gran medida por la influencia de sociedades secretas de corte budista, tuvo primero sus orígenes en el sur del país y se prolongó luego por todo el país durante las siguientes dos décadas, entre luchas intestinas y choques contra las tropas imperiales, hasta precipitar la caída del gobierno Yuan, cuya capital fue tomada en 1368 por Zhu Yuanzhang, un rebelde de origen campesino que se había hecho fuerte en el sur desde la década anterior, donde había proclamado un gobierno independiente y contrario al dominio mongol. Ese mismo año, Zhu se proclamó emperador por mandato del Cielo, con el nombre de Hongwu, y fundó la dinastía Ming, una dinastía de carácter plenamente chino que regiría sobre un país unificado por los siguientes tres siglos hasta el ascenso de la dinastía Qing, la última de las dinastías imperiales.