Una de las características quizá más sorprendentes del pensamiento imperial de los romanos fue su postura en relación a las concepciones religiosas de los múltiples pueblos y naciones con las que entraban en contacto. Si bien ellos profesaban desde antiguo un tipo de religión tradicional, y sus deidades principales se hallaban plenamente afianzadas como defensoras y garantes del mundo civilizado que construían, también es cierto que, frente a las nuevas religiones de los demás, los romanos podían mostrarse en principio tolerantes y abiertos, siempre que dichas creencias no significaran en alguna medida una forma de amenaza o intento de subversión frente al Estado o al imperio Romano.
De hecho, la muestra más clara de dicha apertura de pensamiento en relación a la religión está representada en la paulatina asimilación que, con el advenimiento del imperio y la absorción de las formas clásicas de pensamiento y cultura de los griegos, tuvo lugar entre el primitivo panteón romano y los respectivos dioses griegos, con los cuales revelaron tener sorprendentes similaridades. Así, los dioses del imperio Romano pasaron a tener esa doble denominación, y gozaron de una nueva representación más antropomórfica respecto a su primitiva ambigüedad de forma, como una herencia del pensamiento foráneo griego que identificaba a Júpiter con Zeus, Marte con Ares, Mercurio con Hermes, Minerva con Atenea, Venus con Afrodita, etcétera, entre muchos dioses más.
Sin embargo, pese a ser influenciados de manera predominante por el pensamiento griego y helenizado de la época imperial, los romanos tuvieron contacto igualmente con muchas otras culturas, tanto africanas como orientales, y fueron permeados de la misma forma por creencias mágicas y religiosas provenientes de fuera, principalmente de los reinos orientales, cuna de civilizaciones y religiones, así como por pensamientos antiguos y mágicos ajenos. De Egipto, por ejemplo, heredaron las tradiciones herméticas y su sabiduría ancestral de sus sacerdotes, los cultos y los oráculos de Thot, Isis, Osiris y Amón. Pero también de oriente llegó con los soldados el mitraísmo, religión de origen persa que compitió en su momento con la expansión del cristianismo, así como, entre muchos otros, los cultos a Dionisos y a Cibeles, las ceremonias del taurobolio, donde se sacrificaba un toro para bañarse con su sangre, o la religión del profeta persa Mani, la cual llegó a tener gran difusión en el imperio, así como también conoció sus momentos donde sufrió las más crudas de las persecuciones que terminaron por extinguirla. Podría hablarse igualmente de las ideas provenientes del budismo, e incluso del hinduismo, que llegaron a tener influencias en el polifacético pensamiento religioso romano del imperio, así como también puede sostenerse que hasta el zoroastrismo
Pero, sin duda, la religión que terminó por ser la más influyente de todas fue el cristianismo, venido precisamente de oriente, de la tierra santa de Jerusalén en Israel, la cual terminó por imponerse sobre las demás religiones anteriores, tanto tradicionales y autóctonas como innovadoras y extranjeras, para llegar a ser la religión dominante y mayoritaria en el mundo mediterráneo, durante al menos cinco siglos hasta la aparición posterior del islam. Fue el fenómeno del cristianismo, con su estructura centralizada y jerárquica de obispados, monasterios y abadías, relativamente bien organizada y financiada, el que pudo retomar las formas clásicas del imperio Romano cuando este agonizaba ante la presión de los pueblos de índole mayoritaria germánica que penetraban a través de sus fronteras septentrionales y orientales. Fueron los centros cristianos donde se cultivaba el conocimiento los que permitieron hasta cierto punto el trasvase de algunas de las formas clásicas del saber antiguo durante los siglos oscuros que siguieron a la caída del imperio Romano de Occidente, hacia las nuevas manifestaciones, necesidades y realidades feudales de la Edad Media europea.
De la fusión que tuvo lugar en últimas entre ambas entidades, el imperio, la institución del poder temporal, y la iglesia, que ostentaba el poder religioso, a partir del siglo IV d.C. tomaron luego forma y definición las instituciones políticas, militares, culturales y civiles, que resultaron predominantes durante todo el Medioevo y que vinieron a suplantar a las ideas antiguas del mundo romano y pagano que quedaba de algún modo relegado.
