A la llegada de los españoles al sur del territorio actual de México a principios del siglo XVI se encontraron con una diversidad de pueblos con diversos grados de civilización y organización, aunque la gran mayoría de ellos se agrupaban bajo el dominio centralizado de los mexicas, que fueron conocidos posteriormente con el nombre de aztecas, debido a que se suponía que venían originalmente de una tierra mítica llamada Aztlán (que traduce posiblemente como el lugar de las garzas), asentándose luego en el lago Texcoco, en el centro sur de México para iniciar desde allí un proceso expansivo que los llevaría a construir el imperio más grande e importante de Centroamérica para ese tiempo. Casi todos estos pueblos se reconocían como depositarios de culturas indígenas previas que habían desarrollado sus propias civilizaciones siglos atrás, extendiendo así la historia del México precolombino incluso a milenios antes de la llegada de los europeos.
Los historiadores modernos, basándose principalmente en los hallazgos arqueológicos (debido a que la cultura escrita, de la cual las civilizaciones mesoamericanas no fueron ajenas, fue en gran parte destruida u olvidada durante los tiempos de la conquista europea), han dividido la historia del México prehispánico en distintos periodos asociados al surgimiento de diversas culturas, y en particular han asociado el desarrollo de las civilizaciones más complejas a los periodos que aparecen denominados como preclásico (mediados del tercer milenio antes de Cristo hasta el siglo II de nuestra era), clásico (entre el siglo II y el siglo IX de nuestra era) y posclásico (desde el siglo IX hasta la llegada de los conquistadores españoles en el siglo XVI), abarcando con esto unos cuatro milenios de historia anterior al descubrimiento.
Durante el periodo preclásico tuvo lugar el asentamiento sedentario de los pueblos mesoamericanos y luego el surgimiento predominante de la cultura olmeca, las más antigua de las civilizaciones mexicanas, que apareció alrededor de 1200 a.C. y tuvo un periodo de esplendor de casi siete siglos, hasta su declive hacia el año 400 a.C. Desarrollaron un sistema de escritura propio, matemáticas, un calendario y una avanzada agricultura de cultivos como el maíz, el fríjol, la calabaza y el chile, que les permitieron alimentar poblaciones crecientes en importantes centros urbanos durante todo el tiempo que duró su preeminencia. Su cultura sirvió de base y se transmitió a las civilizaciones posteriores, por lo que ha llegado a ser considerada como la madre de todas las culturas mesoamericanas que vinieron después.
A finales del siglo II d.C. los pueblos que habían sucedido al declive olmeca dieron paso a la predominancia de la cultura de Teotihuacán en el centro de México, lo que da inicio al periodo clásico mesoamericano, caracterizado por una urbanística más planificada y una diversificación y complejización de las sociedades, con un mayor auge del comercio y una mejora en las técnicas agrícolas que permitieron una agricultura más intensiva y tecnificada. Paralelamente al establecimiento de la civilización teotihuacana, durante el periodo clásico también se desarrollaron en sus propias áreas las civilizaciones maya y zapoteca, que empezaron su auge a partir del siglo VII d.C. y extendieron su influencia más allá de este periodo, hasta las culturas posteriores del posclásico. Hacia el final del periodo clásico tuvieron lugar importantes reconfiguraciones del poder político regional, motivados por el declive de los antiguos centros de poder y la migración de nuevos pueblos del norte (entre ellos los nahuas, que habrían de tener preponderancia durante todo el periodo posterior), aunado a condiciones climáticas cambiantes y escenarios de guerras y abandono de las ciudades.
El periodo posclásico, finalmente, tuvo su origen con el ascenso de la civilización tolteca, con su centro en la ciudad de Tula, que establecieron su dominio hegemónico sobre gran parte del centro de México durante unos dos siglos, luego de lo cual siguió un nuevo periodo de fragmentación política que desembocó en últimas en el dominio tepaneca de los señores de Azcapotzalco hasta la llegada final de los mexicas, que terminaron por unificar nuevamente todo el territorio mesoamericano bajo su dominio desde mediados del siglo XV, cuando dieron surgimiento al poderoso imperio azteca de la Triple Alianza de los señores de Tenochtitlán, Texcoco y Tlacopan.
Al momento del descubrimiento, los españoles se encontraron con el predominio de la Triple Alianza sobre el centro de México, en tanto otros pueblos confederados o autónomos resistían al dominio azteca. Entre estos podemos nombrar a los poderosos pueblos tarascos y michoacanos del Estado purépecha, los qichés y kaqchiqueles mayas de Yucatán, los confederados mixtecos y zapotecas contra el imperio azteca, y finalmente los reinos de los totonacas y tlaxcaltecas, parcialmente sometidos por los aztecas, y que jugaron un papel determinante en la caída de estos últimos al aliarse con los españoles en un esfuerzo por recuperar su autonomía perdida. Todos estos pueblos terminaron siendo desarticulados y obligados a incorporarse dentro de la nueva realidad de mestizaje impuesta luego del descubrimiento por los colonizadores españoles.
