Para el cristianismo, la herejía en relación a la correcta doctrina (ortodoxia) ha sido uno de los principales problemas con los que ha tenido que enfrentarse incluso desde los primeros tiempos, cuando se escribieron los primeros tratados adversus haerenses, contra los herejes, debido a la falta inicial de un centro unificado que rigiera la comunidad y a la diversidad de interpretaciones y mezclas que sufrió el mensaje cristiano durante los primeros siglos. Así, durante los últimos siglos del Tardo Imperio, además de las persecuciones y las proscripciones, las primitivas comunidades cristianas debieron hacer frente a los numerosos movimientos heterodoxos, agrupados comúnmente bajo el nombre de gnósticos, que trataron de captar adeptos para sí haciendo gala de doctrinas espurias, extrañas o divergentes, lo que provocó el caos y las disidencias en los primeros creyentes. Estos primeros herejes exponían ideas muy diversas, basándose en lecturas particulares del Antiguo y el Nuevo Testamento, en “testamentos” propios o apócrifos de autenticidad muy dudosa, en las elucubraciones filosóficas de neoplatónicos y neopitagóricos, o en tradiciones religiosas muy diversas traídas mayormente de las zonas orientales del imperio, y fueron fuertemente combatidos por los primeros padres de la Iglesia, no con la fuerza de las armas, sino con argumentos y las lecturas recusatorias sacadas de los Evangelios y de las vidas de los santos.

Con la progresiva institucionalización de la religión cristiana a principios del Medioevo se hizo necesaria la adopción de un cuerpo unificado de creencias y dogmas, que pusiera fin a las discusiones y las distintas posturas acerca del carácter y de la divinidad de Cristo que amenazaron con romper la unidad de la Iglesia de aquellos tiempos, y para ello se realizaron los primeros concilios ecuménicos de obispos, como el de Nicea en 325, todavía en tiempos del Bajo Imperio, que sirvieron para fijar las bases del dogma cristiano  y sentar posiciones claras frente a doctrinas como el monofisismo y al arrianismo, consideradas finalmente heréticas y condenadas por los padres de la Iglesia.

Durante todo el Alto Medioevo, la preocupación principal de la fe cristiana fue imponerse en un mundo bárbaro de creencias paganas, y las herejías, si bien existieron y fueron también perseguidas, sobre todo en la parte oriental del mundo cristiano, el área de influencia del Imperio Bizantino, constituyeron un problema menor frente a la tarea de la cristianización del mundo pagano de la Europa germánica.

Sin embargo, durante los comienzos del Bajo Medioevo, con una Europa que se recuperaba de los años anteriores de pestes, guerras e invasiones, y en el seno de una Iglesia que había pasado a ser el centro de la vida medieval y la rectora del pensamiento y la cultura, pero que también empezaba a volverse demasiado poderosa y mundanal, la cuestión del pensamiento herético volvió a resurgir con fuerza en los primeros siglos del segundo milenio, influenciado en parte por ideas igualmente perseguidas y venidas de oriente, las de los paulicianos y los bogomilos o búlgaros, como también se les llamaba.

Así, durante los siglos XI y XII arraigaron en diversas partes del sur de Francia, así como en otras partes de Europa, varios movimientos que cuestionaron el papel de la Iglesia, su poder institucionalizado y sus doctrinas, predicando un retorno a la pobreza original y a la templanza, que ganaron gran cantidad de adeptos y protectores entre el pueblo llano, tanto como entre la nobleza y las clases altas. Estos movimientos recibieron diversos nombres y valoraciones: cátaros, patarinos, albigenses, pietrovaldenses, paulicianos, apostólicos, dulcinistas, milenaristas, etc. Tras unas primeras tentativas de aproximación misionera por parte de la iglesia, la reacción final de esta se decantó por la vía de la prohibición legal y la organización de diversas cruzadas, expediciones armadas que terminaron por disolver gran cantidad de dichos movimientos, capturando a sus líderes y promotores, muchos de ellos torturados, mutilados o quemados vivos en hogueras, y participando en incursiones de sitio que desembocaron en matanzas indiscriminadas. A fines del siglo XII se fundó la Inquisición en Francia, como parte de la llamada cruzada contra los albigenses, expedición armada contra un grupo diverso de herejes, sobre todo cátaros, que habían proliferado en el Mediodía francés, y que resultaron en gran parte eliminados. A partir de entonces, esta institución creció y se fue fortaleciendo luego, durante todo el Medioevo, en muchos de los reinos europeos de la esfera católica, llegando a jugar un papel importante, luego del descubrimiento de América, en la imposición del cristianismo en el Nuevo Mundo, así como en las tristemente célebres cacerías de brujas y brujos de los últimos siglos de la Edad Media y los primeros de la Edad Moderna. La misma Iglesia Católica prohibió la caza de brujas en el siglo XVII, por más de que aún en el siglo XVIII fueron ajusticiadas en Europa algunas mujeres por brujería. En cuanto a la Inquisición, si bien perdió el carácter virulento y nefasto que se le adjudicó en sus actuaciones de los primeros siglos, ha continuado siendo una organización custodia de la fe dentro de la Iglesia, y en 1965 el papa Pablo VI le dio una nueva organización, pasando a ser renombrada desde entonces como Congregación para la Doctrina de la Fe.