Durante los siglos XV y XVI, a fines de la Edad Media, la Iglesia Católica se encontraba en plena crisis debido a que se la acusaba masivamente y por todas partes de corrupción mundanal, afán desmedido de lucro y descuido de su labor evangélica en pro de actividades más profanas. Muchos pensadores religiosos, algunos de ellos provenientes incluso de las corrientes del humanismo, promovieron un retorno a las fuentes primigenias de la enseñanza en busca de un cambio profundo en la religiosidad, y abogaron por una experiencia del evangelio más personal y acorde con las enseñanzas cristianas, desembarazado de la mediación doctrinal ejercida por la misma Iglesia, en tanto que los señores y reyes poderosos anhelaban desprenderse de la jurisdicción que el papa pretendía ejercer sobre toda la cristiandad y quedar ellos en libertad de ejercer su propio dominio y tomar sus propias decisiones de manera autónoma y sin injerencias externas.
Por otra parte, diversos representantes de la baja nobleza europea ambicionaban despojar a la Iglesia de sus muchas propiedades como una manera de recuperar ellos mismos su propio estatus, y por ello se adhirieron con convicción a la protesta y defendieron con fuerza la idea de una Iglesia pobre y espiritual, que renunciara a todo tipo de tesoros, propiedades y riquezas materiales.
Por último, las protestas involucraban también elementos de revaloración nacionalista frente a las pretensiones de dominio hegemónico ejercidas por la autoridad papal en su pugna casi permanente con los poderes seculares de los reyes y del emperador, por lo que se percibía a Roma como una entidad imperial decadente en favor de la figura del rey nacional como verdadera cabeza y guía religiosa de su comunidad.
En estas circunstancias, y motivado en buena medida por los gastos de construcción de la iglesia de San Pedro en Roma, se desató una enorme controversia en torno a la práctica eclesiástica de vender indulgencias para reunir fondos para la construcción, lo que se consideró en su momento un asalto a la buena fe de los creyentes y una muestra escandalosa de la ambición desmedida de la Iglesia, que comerciaba con bienes espirituales en su afán de riquezas materiales. En octubre el año 1517, el monje agustino alemán Martín Lutero sentó su protesta contra lo que él consideraba prácticas de impiedad no evangélica por parte de la Iglesia católica, y clavó en la puerta de la iglesia de Wittenberg, capital en ese momento del ducado de Sajonia, un documento de noventa y cinco tesis, lo que en últimas le valió a Lutero la excomunión, entre las cuales criticaba la venta de indulgencias y exponía su propia doctrina interpretación de la doctrina de salvación por la sola fe, lo que se considera el inicio de la llamada Reforma Protestante, que dividió desde entonces a Europa, y al mundo cristiano, en materia religiosa.
Lutero fue un ferviente promotor de la creación de una iglesia nacional alemana, animando a los grandes señores alemanes a que rechazaran la autoridad papal, en un momento en que el poder de Roma había obligado a los grandes y pequeños señores y reyes de Europa a la obediencia y sumisión a sus legados papales, así como a altas tasas impositivas. Escribió su propia traducción de la Biblia latina al alemán, la cual ejerció desde entonces una fuerte incidencia en la unificación de la lengua, así como numerosos opúsculos y sermones que lograron rápida difusión gracias a la invención relativamente reciente de la imprenta.
Entre las reformas que promovió se encontraba la idea de que, según se deducía a partir de la enseñanza de las Sagradas Escrituras, desde el advenimiento de Cristo todos los miembros de su iglesia habían llegado a ser reyes y sacerdotes merced a su gracia, lo cual ponía en tela de juicio la autoridad misma de las jerarquías eclesiásticas e implicaba el abandono del poder temporal por parte de la Iglesia en favor de gobiernos nacionales y laicos, así como su renuncia al ejercicio de la excomunión y la condena como herramienta de sometimiento e imposición de su autoridad. También denunció los excesos de la Iglesia en materias de comercio religioso y peregrinajes, fue partidario de la disminución del número de sacramentos, así como de la abolición del celibato clerical, casándose él mismo con una monja, Catalina de Bora, quien fuera “rescatada” desde un monasterio sajón.
Sin embargo, al poco tiempo de la revolución de pensamiento iniciada por Martín Lutero, muchos de sus seguidores empezaron a llevar a los extremos sus interpretaciones, y las tendencias empezaron a diversificarse y a radicalizarse. En los orígenes del movimiento anabaptista, llamado así por su defensa del bautismo de personas adultas, el ala más radical de estos sirvió de fundamento teológico para oponer a los campesinos alemanes contra sus señores feudales, en una serie de crudas guerras que los enfrentaron tanto con católicos como con protestantes y que llegaron a costar cientos de miles de muertos. Y sin embargo, la cifra palidece en el contexto de las largas guerras religiosas que tuvieron origen desde entonces y que caracterizaron la realidad europea de los siglos XVI y XVII. El mismo Lutero llegó en su momento a defender el uso de medios violentos para el apaciguamiento de los sublevados y el mantenimiento del estado general de cosas, renunciando a la idea de dar inicio a una denominación particular. La Reforma Protestante iniciada por él y continuada por numerosos pensadores y fundadores de nuevas denominaciones tendría profundas repercusiones en la configuración política, religiosa e intelectual de Europa hasta la actualidad.